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みどりの食料システム戦略とは? みどり認定のメリットと事例

みどりの食料システム戦略は、農家にどんなメリットがあるのか。みどり認定の仕組み、支援措置、水田や有機農業の事例から、制度を経営に生かす考え方を整理します。

補助金フラッシュ 士業編集部公開日: 2026年5月22日
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目次

  • みどりの食料システム戦略とは
  • みどり認定の基本的な仕組み
  • 認定で得られる主なメリット
  • 事例で分かる取り組み
  • まとめ
補助金フラッシュ 事業計画

農業で環境に配慮するというと、コストや手間が増える話に見えがちです。けれども、みどりの食料システム戦略は、環境対応を努力目標で終わらせず、認定制度、税制、融資、技術導入と結び付けて進める政策です。
みどり認定を受けた農家は、環境負荷を下げる取組を計画として示し、支援措置や販売上の説明材料に使いやすくなります。この記事では、制度の全体像、認定を受けるメリット、実際の取り組み事例を、初めて読む人にも分かるように整理します。

目次

  • ●みどりの食料システム戦略とは
  • 有機25%目標の意味
  • 全国調査で示された有機水田の効果
  • ●みどり認定の基本的な仕組み
  • 正式には「環境負荷低減事業活動実施計画」
  • 対象になる主な取組
  • ●認定で得られる主なメリット
  • 資金調達と税制の支援
  • 全国で広がる認定と販売面の使い方
  • ●事例で分かる取り組み
  • 水田の有機栽培と省力化
  • 地域ぐるみの有機農業
  • ●まとめ
  • 制度を経営に生かすための確認事項
みどりの食料システム戦略とは? みどり認定のメリットと事例

みどりの食料システム戦略とは

有機25%目標の意味

みどりの食料システム戦略は、食料、農林水産業の生産力向上と持続性の両立を、技術革新で進めるために農林水産省が策定した戦略です。2050年までの主な目標として、化学農薬使用量をリスク換算で50%低減、化学肥料使用量を30%低減、耕地面積に占める有機農業の割合を25%に拡大することなどが掲げられています。1

農薬や肥料を減らすには、雑草管理、病害虫対策、収量の安定、販路づくりまで変える必要があります。だからこそ、国は技術カタログ、認定制度、補助事業、環境負荷低減の見える化などを組み合わせ、現場で続けられる形に近づけようとしています。

全国調査で示された有機水田の効果

経験者でも見落としやすいのは、有機栽培の効果が一部の地域の印象だけで語られているわけではないという点です。農研機構などの研究グループは、全国各地の1000以上のほ場を対象に、有機栽培や農薬節減栽培の水田と慣行栽培の水田を比べました。

その結果、有機栽培の水田では、絶滅のおそれのある植物、アキアカネなどのトンボ、トノサマガエル属のカエル、サギ類などの個体数が多いことが示されました。2

ただし、すべての生き物が同じように増えるわけではありません。農研機構の発表では、ニホンアマガエルやドジョウ科については、化学肥料や化学農薬の削減だけでなく、個別の管理方法が個体数に大きく影響することも示されています。つまり、環境負荷低減は、単に使う資材を減らすだけでなく、田んぼの管理全体を設計する話です。

この章の要点:みどりの食料システム戦略は、環境配慮を農家の負担で終わらせず、経営改善や販路づくりにもつなげる政策です。

みどり認定の基本的な仕組み

正式には「環境負荷低減事業活動実施計画」

一般に認定農家と呼ばれることがありますが、みどりの食料システム法で中心になるのは、環境負荷低減事業活動実施計画などの認定です。農林漁業者が、環境負荷を下げるための取組内容、目標、実施期間、体制、必要資金などを計画にまとめ、都道府県知事の認定を受ける仕組みです。3

この制度は、令和4年7月に施行されたみどりの食料システム法に基づいています。法律の狙いは、農林漁業に由来する環境負荷を下げる取組を促し、農林漁業と食品産業の持続的な発展につなげることです。つまり、認定は環境に良いことをしている証明書というより、環境対応を事業計画として見せる制度と考えると分かりやすくなります。4

対象になる主な取組

対象になる取組は、有機農業だけではありません。制度資料では、土づくりと化学肥料、化学農薬の使用低減を一体で行う取組、温室効果ガスの排出削減に資する取組、バイオ炭の農地施用、生分解性マルチの使用、地域の生物多様性保全に資する技術を用いる取組などが示されています。1

例えば、水稲農家なら、有機栽培への転換だけでなく、中干し期間の延長、除草機や抑草ロボットの活用、化学農薬を減らす栽培体系の見直しが候補になります。施設園芸なら、省エネ設備の導入や燃油使用量の削減が対象になり得ます。重要なのは、自分の経営で継続できる取組を、地域の基本計画に合う形で整理することです。

申請時には、環境に良い取組名を並べるだけでは足りません。審査では、目標が具体的で実現可能か、活動内容が地域の基本計画と合っているか、労働負荷や生産コストが増える場合にどう対処するか、必要な資金をどう準備するかも確認されます。計画づくりの段階で、収量、作業時間、資材費、販売単価の変化を大まかに見ておくと、認定後の運用が現実的になります。5

この章の要点:みどり認定は、環境に配慮した取組を計画にまとめ、都道府県に認めてもらう制度です。

認定で得られる主なメリット

資金調達と税制の支援

認定を受けるメリットは、環境配慮をアピールできることだけではありません。農林水産省の制度資料では、認定者向けの支援として、法人税や所得税の特例、農業改良資金の手続のワンストップ化、償還期間の延長、各種補助金での採択ポイント加算などが示されています。1

区分認定農家にとっての実務上の意味
税制認定計画に沿った設備投資で、特別償却などを検討しやすくなる
融資農業改良資金などで、手続や償還期間の特例を確認できる
補助金一部事業で採択要件や加点、優先採択の対象になり得る
信用環境負荷低減の取組を、取引先や消費者に説明しやすくなる

注意したいのは、認定を受ければ自動的に補助金や融資が決まるわけではないということです。補助金は公募要領、融資は審査、税制は対象設備や取得時期などの要件を別に確認する必要があります。特に設備投資では、認定前に発注、着工、取得した場合、税制特例を受けられない可能性があるため、先に都道府県や金融機関へ相談する流れが重要です。5

全国で広がる認定と販売面の使い方

制度はすでに全国で広がっています。農林水産省の公表資料では、令和8年3月末時点で、みどりの食料システム法に基づく生産者の認定数は全国で36,380経営体とされています。6 この数字は、みどり認定が一部の先進農家だけの制度ではなく、地域や品目をまたいで使われ始めていることを示しています。

一方で、地域差はあります。都道府県ごとの認定数を見ると、取組が先に進んでいる地域と、これから広げていく地域の差が大きく出ています。だから、近隣に事例が少ない場合でも、制度が使えないと判断するのではなく、都道府県の基本計画や募集されている補助事業を確認することが大切です。

販売面では、環境負荷低減の取組を消費者に伝える仕組みも整いつつあります。農林水産省は、温室効果ガス削減への貢献や生物多様性保全への配慮を等級ラベルで表示する、みえるらべるを進めています。7 認定そのものとラベル表示は同じ制度ではありませんが、どちらも環境負荷低減の取組を見える形にする道具です。環境対応を販売先に説明できる状態にすることは、今後の農産物の差別化で重要になります。

この章の要点:認定を受けると、補助金や税制だけでなく、取引先や消費者に取組を説明しやすくなります。

事例で分かる取り組み

水田の有機栽培と省力化

取り組み事例を見ると、みどり戦略が机上の制度ではなく、栽培技術と販路づくりを組み合わせる政策だと分かります。鹿児島県南種子町では、地域特産の安納いも、早期水稲、さとうきびなどで有機栽培に取り組む農家があり、学校給食、町内物産館、島外への出荷などを通じてブランド化を進めています。早期水稲の実証栽培では、水管理システム、アイガモロボ、水田除草機を使った雑草管理により、作業効率の向上と化学農薬不使用による環境負荷低減を目指しています。8

ここで注目したいのは、環境配慮と省力化が別々に扱われていないことです。有機栽培は、除草や水管理の負担が重くなると続きにくくなります。だから、ロボットや水管理システムのような技術を組み合わせる意味があります。農林水産省の技術カタログでも、現場への普及が期待される技術を、作目や貢献分野から探せるように整理しています。9

技術を選ぶときは、最新性だけで決めないことも大切です。田んぼの形、雑草の種類、水管理のしやすさ、作業者の人数によって、同じ機械でも成果は変わります。導入前に小さく試し、地域の普及指導員や導入済みの農家から使い方を聞くと、過剰投資を避けやすくなります。

地域ぐるみの有機農業

別の事例として、宮崎県宮崎市では、化学農薬、化学肥料の低減や有機農業の面積拡大に向け、宮崎市みどり農業推進協議会を設立し、官民一体で取り組んでいます。特定区域では、有機農業に取り組む農業者や転換を検討する農業者に栽培技術研修を行い、レストランでの販売促進イベント、新商品の開発、学校給食への提供を通じて、消費者の認知度向上や販路開拓を進める方針が示されています。8

この事例から分かるのは、認定や環境配慮は、個々の農家だけで完結しにくいということです。周辺農家との調整、技術研修、学校給食や小売との連携、地域内での理解づくりがあって、継続しやすい形になります。みどり戦略の事例は、単なる栽培方法の変更ではなく、地域の売り方や学び方まで含めた取り組みとして見ると理解しやすくなります。

この章の要点:実際の事例では、有機栽培だけでなく、ロボット活用、販路づくり、地域連携まで一体で進められています。

まとめ

制度を経営に生かすための確認事項

みどりの食料システム戦略は、農家にとって環境対応の義務だけを意味するものではありません。認定を受けることで、環境負荷低減の取組を事業計画として整理し、設備投資、補助金、融資、販売説明とつなげやすくなります。特に、みどり認定は、環境に良いことをしているという抽象的な説明を、目標、期間、体制、資金計画のある取組に変える入口です。

最初に確認したいのは、次の5つです。

  • 自分の取組が、有機農業、化学肥料や化学農薬の低減、温室効果ガス削減などに当てはまるか
  • 地域の基本計画に沿った内容として、都道府県に相談できるか
  • 設備投資を予定している場合、認定前に発注や取得を進めていないか
  • 補助金や融資を使う場合、それぞれの要件と締切を確認しているか
  • 販売先や消費者に、環境負荷低減の取組をどう説明するか

認定を急ぐ前に、まずは取組内容、投資予定、販売上の伝え方を一枚に書き出すことが有効です。そのうえで、都道府県の担当部署、JA、金融機関、支援機関に相談すると、制度を自分の経営に合わせて使いやすくなります。みどり戦略の本質は、環境対応を経営の負担で終わらせず、続けられる農業の設計に変えることです。

出典・参考資料

  1. 「みどりの食料システム法の認定制度等について」農林水産省 ↩

  2. 「(研究成果) 有機・農薬節減栽培と生物多様性の関係を解明 | プレスリリース・広報」農研機構 ↩

  3. 「みどりの食料システム法に基づく ・環境負荷低減事業活動実施計画等の認定を受けるには」農林水産省 ↩

  4. 「みどりの食料システム法について(みどり認定、基盤認定)」農林水産省 ↩

  5. 「みどりの食料システム法に基づく ・環境負荷低減事業活動実施計画等の認定を受けるには」農林水産省 ↩

  6. 「みどりの食料システム法に基づく生産者の認定状況※ (令和8年3月末時点)」農林水産省 ↩

  7. 「見つけて!農産物の環境負荷低減の取組の見える化 ~温室効果ガス削減への貢献と生物多様性保全への配慮~」農林水産省 ↩

  8. 「みどりの食料システム法に基づき地域ぐるみで環境負荷低減に取り組むモデル地区一覧」農林水産省 ↩

  9. 「みどりの食料システム戦略 技術カタログ」農林水産省 ↩

執筆者:補助金フラッシュ 士業編集部

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執筆者
補助金フラッシュ 士業編集部
公開日: 2026年5月22日

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