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ブログ|補助金・税制ガイド

国の補助金と自治体の補助金は何が違うのか? 探し方と使い分けを解説

国の補助金と自治体の補助金は、どちらを先に見るべきか。公的検索サイトや東京都の上乗せ制度の例をもとに、探し方と使い分けの判断軸、申請前に確認したい順番を整理します。

補助金フラッシュ 士業編集部公開日: 2026年6月5日
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目次

  • 国と自治体の違いを分ける3つの軸
  • 自治体の補助金が強い場面
  • 国の補助金が向いている場面
  • 補助金の探し方と確認する順番
  • 使い分けで失敗しないための最終確認
補助金フラッシュ 事業計画

補助金を探すとき、最初に迷いやすいのが国の補助金を見るべきか、自治体の補助金を見るべきかという問題です。名前は似ていますが、募集のされ方、対象者、使いやすい場面はかなり違います。
大事なのは、どちらが優れているかではなく、事業の目的と所在地に合う制度から探すことです。国の制度は情報量が多く計画を立てやすい一方、自治体の制度は地域の事業者に合う細かな支援が見つかることがあります。
この記事では、国の補助金と自治体の補助金の違い、探し方、使い分けの考え方を、初めて補助金を調べる人にも分かるように整理します。

目次

  • ●国と自治体の違いを分ける3つの軸
  • 実施機関、目的、対象地域の違い
  • 募集期間と情報量の違い
  • ●自治体の補助金が強い場面
  • 地域要件が合うと使いやすい制度
  • 国の制度に上乗せされるケース
  • ●国の補助金が向いている場面
  • 設備投資や新規事業で使いやすい理由
  • 審査と後払いを前提にした準備
  • ●補助金の探し方と確認する順番
  • 先に事業内容を言語化する作業
  • 公的検索サイトと自治体サイトの使い分け
  • ●使い分けで失敗しないための最終確認
  • 併用可否とスケジュールの確認
  • 金額よりも実行しやすさを優先する判断
国の補助金と自治体の補助金は何が違うのか? 探し方と使い分けを解説

国と自治体の違いを分ける3つの軸

実施機関、目的、対象地域の違い

補助金や助成金は、国や地方自治体の政策目標に合った事業を支えるために給付されるお金です。ミラサポplusでは、返済義務がないこと、後払いであること、補助金は申請後に審査で採択される必要があることが説明されています。1

国の補助金は、経済産業省、中小企業庁、厚生労働省、環境省など、国の政策に沿って設計されます。たとえば、生産性向上、賃上げ、デジタル化、販路開拓、新規事業、雇用環境の整備など、全国の事業者に共通する課題が対象になりやすいです。

自治体の補助金は、都道府県や市区町村が、地域の課題に合わせて設計します。対象は、その地域に本店や事業所がある事業者に限られることが多く、商店街、観光、地域産業、防災、省エネ、雇用定着など、地域の事情に近いテーマが目立ちます。

募集期間と情報量の違い

違いをざっくり比べると、次のように整理できます。

比較項目国の補助金自治体の補助金
対象地域全国の事業者が対象になりやすい都道府県や市区町村の事業者が中心
情報量過去の公募要領、採択結果、解説が見つかりやすい公式ページや地域の支援機関で確認する必要がある
募集期間年度内に複数回出る制度や通年受付の制度もある予算や地域課題に合わせて短期間で出ることがある
向いている場面設備投資、新規事業、デジタル化など地域密着の投資、雇用、商店街、自治体独自の支援など

ここで注意したいのは、国の補助金がいつでも申請できるという意味ではないことです。中小企業庁のミラサポplusでは、申請受付中や受付予定の補助金情報が一覧化されており、省力化投資補助金のように随時受付のものもあれば、持続化補助金や事業承継・M&A補助金のように申請期間が決まっているものもあります。2

ポイント

国の補助金は大きな制度が多く、過去情報をもとに準備しやすい傾向があります。自治体の補助金は対象地域が狭い分、自社の所在地や事業内容と合えば使いやすい制度になることがあります。最初から片方に決めず、目的と地域の両方で見ることが重要です。

自治体の補助金が強い場面

地域要件が合うと使いやすい制度

自治体の補助金は、全国の事業者を相手にする制度ではありません。対象地域が限定されるため、条件に合わない事業者は申請できませんが、条件に合う事業者にとっては競争相手が絞られる可能性があります。

たとえば、東京都中小企業振興公社の助成金事業ページでは、令和8年度の助成金事業として、製品開発、創業、商店街、サービス、生産性向上、知的財産、設備投資、事業承継、危機管理、販路拡大などの分類が掲載されています。3 国の制度だけを見ていると、こうした地域独自の支援を見落とすことがあります。

自治体の補助金で見たいのは、補助率や上限額だけではありません。自社の事業所が対象地域にあるか、対象経費が自社の投資内容に合うか、申請から事業完了までの期間に無理がないかを確認する必要があります。小さな金額に見えても、いま行う予定の投資にそのまま使えるなら、国の大型制度より実行しやすい場合があります。

国の制度に上乗せされるケース

自治体の制度で見落とされやすいのが、国の制度に上乗せされる支援です。単独で探すと目立たなくても、国の補助金や助成金を受けた後に申請できる自治体制度があります。

東京都の正規雇用転換安定化支援助成金は、その分かりやすい例です。この制度は、東京労働局長がキャリアアップ助成金の正社員化コースの交付決定をしていることなどを要件に、非正規から正規雇用に転換した従業員の育成や制度整備、賃上げを行った企業を支援します。基本部分は対象労働者1人20万円、5人で100万円までで、退職金制度、結婚・育児支援制度、介護支援制度、賃上げの加算を満たすと、最大190万円になる計算です。4

このような制度は、自治体の補助金を先に見ていないと気づきにくいです。国の制度の採択や支給決定を受けたら、そこで終わりにせず、自社の所在地の自治体が関連する上乗せ支援を用意していないか確認しましょう。

国の補助金が向いている場面

設備投資や新規事業で使いやすい理由

国の補助金は、全国的な政策目的に沿って作られるため、制度の規模が大きく、事業計画をしっかり作って申請するものが多くあります。ものづくり補助金、持続化補助金、デジタル化・AI導入補助金、省力化投資補助金などは、ミラサポplusでも代表的な補助金として案内されています。2

大きな設備を入れる、新しいサービスを始める、業務をデジタル化する、販路開拓を行うといった取り組みでは、国の補助金が候補になりやすいです。過去の公募要領や採択事例が見つかりやすい制度なら、どのような計画が評価されやすいかを事前に研究できます。

ただし、国の制度は競争があるものも多く、申請しただけで受け取れるわけではありません。審査では、投資の必要性、事業計画の実現可能性、政策目的との合い方などが見られます。申請書を書く前に、なぜ今その投資をするのか、投資後に売上や生産性がどう変わるのかを説明できる状態にしておくことが大切です。

審査と後払いを前提にした準備

補助金は、基本的に後払いです。採択された時点でお金が入るのではなく、交付決定を受け、事業を実施し、支払いを終え、実績報告や検査を経てから入金される流れになります。ミラサポplusでも、補助金や助成金は後払いであることが説明されています。1

そのため、国の補助金を使う場合は、資金繰りの準備が欠かせません。たとえば、800万円の設備を購入して補助率が2分の1なら、最終的に400万円の補助が見込めるとしても、先に支払う資金は必要です。見積書、契約書、請求書、支払い証憑、成果物の記録なども、制度ごとのルールに合わせて残す必要があります。

電子申請にも注意が必要です。Jグランツは補助金申請のための政府系ポータルとして使われることがあり、GビズIDは1つのIDとパスワードで複数の法人向け行政サービスにログインできる仕組みです。56 申請直前にアカウントを準備しようとすると間に合わない場合があるため、補助金を本格的に探し始めた段階で確認しておくと安全です。

補助金の探し方と確認する順番

先に事業内容を言語化する作業

補助金探しで失敗しやすいのは、制度名から探し始めることです。補助金は制度名だけ見ると魅力的に見えますが、対象経費や実施期間が合わなければ使えません。先にやるべきなのは、自社の計画を短く言語化することです。

確認すること書いておく内容
何に使うか設備、広告、システム、人材育成、店舗改装など
どこで実施するか本店所在地、事業所所在地、実施場所
いつ実施するか契約予定日、発注予定日、支払い予定日、完了予定日
何を達成したいか売上拡大、生産性向上、雇用定着、省エネ、販路開拓など

この整理を先にしておくと、国の補助金を見るべきか、自治体の補助金を見るべきかを判断しやすくなります。たとえば、東京都内の事業所で従業員の定着支援を行うなら自治体の雇用系助成金が候補になります。全国向けに新しい製造設備を入れて生産性を上げるなら、国の設備投資系の補助金も見ていくべきです。

公的検索サイトと自治体サイトの使い分け

探し方は、国と自治体を別々に見るより、横断検索と公式ページを組み合わせるのが実務的です。J-Net21の支援情報ヘッドラインでは、企業経営や創業に役立つ国や都道府県の支援情報をまとめて検索できます。カテゴリや地域から検索できるため、最初の候補出しに向いています。7

さらに、J-Net21は中小機構が運営する無料、会員登録不要のポータルで、国の支援策や全国各地の補助金情報などを掲載しています。支援情報ヘッドラインは全国の中小企業向け施策を毎日更新していると説明されています。8 まず横断検索で候補を出し、その後に制度を実施する国、都道府県、市区町村の公式ページで公募要領を確認すると、見落としを減らせます。

自治体の補助金は、横断検索に載るまで時間差がある場合や、自治体サイト上だけで案内される場合もあります。自社の所在地が決まっているなら、都道府県、市区町村、地域の産業振興機関、商工会議所のページも定期的に確認しましょう。

ポイント

補助金探しは、制度名検索だけでは足りません。まず自社の計画を整理し、次にJ-Net21やミラサポplusで広く候補を出し、最後に実施機関の公式ページで要件を確認する流れが安全です。自治体制度は、所在地が合うかどうかで候補が大きく変わります。

使い分けで失敗しないための最終確認

併用可否とスケジュールの確認

国の補助金と自治体の補助金は、同じ事業で必ず併用できるとは限りません。特に同じ経費について二重に補助を受ける扱いになる場合は、制度上認められないことがあります。上乗せ制度のように併用を前提としているものもあるため、公募要領の併用可否、対象経費、交付決定前の発注可否を必ず確認してください。

使い分けの基本は、国の制度で大きな投資を支え、自治体の制度で地域要件に合う細かな支援や上乗せ支援を探すことです。ただし、申請期限が近い制度に飛びつくのではなく、事業の実施時期と補助金のルールが合うかを見ます。交付決定前に契約や発注をすると対象外になる制度もあるため、先に支出する予定がある場合は特に注意が必要です。

また、自治体の制度は予算に達すると早く締め切られることがあります。国の補助金は準備に時間がかかりやすく、事業計画書や電子申請の準備も必要です。どちらを選ぶ場合でも、申請期限だけでなく、見積取得、社内決裁、資金手当て、書類作成、実績報告までの流れを一つのスケジュールとして見ておきましょう。

金額よりも実行しやすさを優先する判断

補助金は上限額が大きいほど魅力的に見えます。しかし、上限額が大きい制度ほど、事業計画の作成、審査、実績報告、資金繰りの負担も大きくなることがあります。補助金額だけで選ぶと、申請準備に時間を使ったのに採択されない、採択されても実施期間に間に合わないということが起こり得ます。

最後に見るべきなのは、自社が無理なく実行できるかです。国の補助金は、計画性のある大きな取り組みに向いています。自治体の補助金は、地域要件やタイミングが合えば、身近な課題に使いやすいことがあります。両方を比べるときは、採択可能性、準備期間、先出し資金、対象経費、実績報告の負担まで含めて判断しましょう。

国の補助金と自治体の補助金は、競合するものではありません。広く探す入口として国の制度を確認し、所在地に合う自治体制度で取りこぼしを防ぎ、必要に応じて上乗せや関連支援を確認する。この順番で見ると、補助金探しはかなり整理しやすくなります。

出典・参考資料

  1. 「中小企業支援施策って何?」経済産業省 中小企業庁 ミラサポPlus ↩

  2. 「ミラサポplus 補助金・助成金 中小企業支援サイト」経済産業省 中小企業庁 ↩

  3. 「助成金事業」東京都中小企業振興公社 ↩

  4. 「東京都正規雇用転換安定化支援助成金」TOKYOはたらくネット ↩

  5. 「Jグランツ ネットで簡単!補助金申請」Jグランツ ↩

  6. 「GビズID」GビズID ↩

  7. 「支援情報ヘッドライン」J-Net21 ↩

  8. 「J-Net21とは」J-Net21 ↩

執筆者:補助金フラッシュ 士業編集部

補助金・助成金の活用法からAI導入、業務の生産性向上まで、中小企業の経営に役立つ情報を士業の専門家チームがわかりやすく解説します。

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執筆者
補助金フラッシュ 士業編集部
公開日: 2026年6月5日

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