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事業承継における物的資産とは? 株式、不動産、設備の順番を間違えないために

事業承継で株式、設備、不動産をどう引き継ぐかが分かります。特に不動産を会社に移す前に確認したい税金、株価評価、納税資金のポイントを実務目線で分かりやすく整理しました。

補助金フラッシュ 士業編集部公開日: 2026年3月27日
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目次

  • そもそも物的資産は何を指し、会社では何を引き継ぐのか?
  • 不動産を会社に移すと、どんな税金が重なるのか?
  • 株価評価はどこで動くのか?
  • 残すか、移すか決める基準
  • まず何から着手すればよいのか?
補助金フラッシュ 事業計画

事業承継の話になると、株式を渡すか、不動産を渡すか、設備をどう残すかが一気に複雑になります。とくに会社オーナーが自分名義の土地や建物を会社に移そうとすると、譲渡時の税金だけでなく、後の株価評価や相続税まで動くことがあります。
事業承継で本当に見るべきなのは、資産の一覧ではなく、誰の名義にあり、その価値が株式にどう乗るかです。
この記事では、物的資産の考え方を整理したうえで、不動産がなぜ別格なのか、引き継ぐ前にどこを確認すべきかを実務目線でまとめます。

目次

  • ●そもそも物的資産は何を指し、会社では何を引き継ぐのか?
  • 株式に含まれる資産と、個人に残る資産を分けて考える
  • 設備は台帳で追えても、不動産は名義の差が大きく出る
  • ●不動産を会社に移すと、どんな税金が重なるのか?
  • 個人には譲渡所得税、法人には取得コストが出る
  • 安く移すと、当事者以外にも影響が及ぶ
  • ●株価評価はどこで動くのか?
  • 見落としやすい「3年ルール」
  • 土地の比重が高い会社は、純資産ベースが強く出やすい
  • ●残すか、移すか決める基準
  • 個人保有のまま貸す方法にも、制度上の意味がある
  • 株式の制度と、不動産の制度は別
  • ●まず何から着手すればよいのか?
  • 資産マップを作る
  • 税金・株価評価・資金を試算し、引き継ぐ順番を考える
事業承継における物的資産とは? 株式、不動産、設備の順番を間違えないために

そもそも物的資産は何を指し、会社では何を引き継ぐのか?

株式に含まれる資産と、個人に残る資産を分けて考える

厳密にいえば、株式そのものは物的資産ではありません。ただ、会社形態の事業承継では、会社が持つ設備や不動産の価値が自社株式に含まれるため、実務では株式まで含めて一体で考える必要があります。

中小企業庁の事業承継ガイドラインでも、会社形態では会社保有の資産価値は株式に包含されるので、株式の承継が基本だと整理されています。1

ここで重要なのは、同じ工場や店舗でも、会社名義なのか、オーナー個人名義なのかで承継の難しさが変わることです。会社が土地、建物、機械設備を持っているなら、後継者は原則として株式を引き継ぐことで事業用資産をまとめて承継できます。

反対に、土地だけ個人名義で会社に貸している、建物は会社名義、機械はリースという形だと、株式の承継だけでは資産の承継が終わりません。相続人が複数いる場面では、株式は後継者に集められても、土地だけ別の相続人に移るというずれが起きやすく、ここが後から経営の不安定さにつながります。

設備は台帳で追えても、不動産は名義の差が大きく出る

設備は固定資産台帳やリース契約をたどれば、どこに何があるかを比較的整理しやすい資産です。もちろん補助金の処分制限や担保設定の確認は必要ですが、価格の動きと承継リスクが一気に大きくなりやすいのは、やはり不動産です。

機械設備は古くなるほど帳簿価額と実際の取引価格が下がることが多い一方で、土地は長年使っているうちに価値が上がることがあります。そのため、経営者の感覚では昔の取得価格のままでも、承継の場面ではまったく別の金額で影響が出ます。つまり、物的資産を見る出発点は資産の種類そのものではなく、名義と評価のされ方です。

不動産を会社に移すと、どんな税金が重なるのか?

個人には譲渡所得税、法人には取得コストが出る

オーナー個人の土地や建物を会社へ売ると、まず個人側では譲渡所得税の問題が出ます。さらに会社側では、不動産取得税や、所有権移転登記にかかる登録免許税が発生します。不動産を会社に移す判断は、承継対策である前に、一つの売買として課税されるので、株式の承継とは別のコストが先に動くと考えた方が安全です。234

国税庁の例では、同族会社の代表者個人が、時価1億円の土地を自分の会社に4,000万円で売った場合、4,000万円ではなく1億円を前提に譲渡所得を計算します。

時価の半額未満で法人に売ると、個人側ではみなし譲渡課税が働くためです。相続対策のつもりで値段を下げた結果、かえって譲渡税の負担が重くなることがありますし、会社は土地を受け取るための資金を出すか、借入れを増やす必要があるので、税金と資金繰りが同時に重くなります。2

安く移すと、当事者以外にも影響が及ぶ

注意したいのは、低額譲渡の影響が売り手と買い手だけで終わらないことです。法人側では、無償または低額で資産を受けたことによる受贈益が論点になりえます。

さらに同族会社で他の株主がいる場合は、その株価上昇分について、他の株主への贈与があったとみなされる問題も出ます。56

ここでもう一つ大事なのが、基準を一つで考えないことです。個人が法人へ低額で譲るときの譲渡所得の世界では、時価の2分の1未満が一つの目安として示されていますが、贈与税の世界でいう著しく低い価額は別の考え方で判定されます。半額を上回っているから安全だ、と単純に判断しない方がよい理由はここにあります。

家族経営では、価格を少し下げることを身内への配慮だと考えがちですが、税務はそこを好意ではなく経済的利益の移転として見ることがあります。27

株価評価はどこで動くのか?

見落としやすい「3年ルール」

国税庁の評価明細書の記載方法では、課税時期前3年以内に取得または新築した土地や家屋がある場合、その相続税評価額は、課税時期における通常の取引価額に相当する金額で記載するとされています。

つまり、直前に会社へ移した不動産は、簿価のままでも、一般的な相続税評価の感覚のままでもなく、より実勢に近い価額で株価に反映される可能性があるということです。帳簿上で古い金額のまま見えている不動産でも、承継時には別の顔を見せる。この感覚のずれが、準備不足を生みやすいところです。8

土地の比重が高い会社は、純資産ベースが強く出やすい

国税庁は、土地の保有割合が一定以上の会社を土地保有特定会社として、取引相場のない株式を原則として純資産価額方式で評価するとしています。

土地を多く抱える会社では、利益や配当よりも、会社の中にある資産そのものの価値が株価に効きやすくなります。30年前に安く買った土地でも、承継時には株式評価の中でより重い意味を持ち、自社店舗や工場を売れば事業継続に支障が出る会社ほど、納税資金をつくる手段が限られます。工場や本社土地を会社に集めるほど、株式の承継コストに跳ね返る場面があるのはこのためです。9

ここまでで、不動産は税金と株価評価の両方を動かす資産だと分かります。次は、では残すべきか移すべきかをどう考えるかです。

残すか、移すか決める基準

個人保有のまま貸す方法にも、制度上の意味がある

オーナー個人が持つ事業用土地を、そのまま会社に貸して使う形が常に不利とは限りません。一定の要件を満たせば、その土地は特定同族会社事業用宅地等として、小規模宅地等の特例の対象になり、400平方メートルまで80%減額の余地があります。個人保有を続けることに税務上の選択肢がある以上、会社へ移すかどうかは、単純にまとめた方が楽という理由だけでは決めにくい論点です。10

もちろん、会社に移しておく方がよい場面もあります。後継者に株式をまとめて持たせたい、個人と会社の賃貸借関係を整理したい、将来の第三者承継やM&Aで資産と事業を一体で見せたい、という事情があるからです。

ただし、その場合でも、譲渡時の税負担、会社の資金負担、将来の株価評価を並べて比べないまま進めると、整理したつもりが別の問題を増やします。とくに工場や本社のように代替しにくい不動産は、所有形態を変えたあとで元に戻すのが難しいため、最初の設計の重みが大きくなります。

株式の制度と、不動産の制度は別

事業承継税制は、自社株式の相続や贈与に伴う税負担を和らげる有力な制度です。一方で、その制度があるからといって、オーナー個人の不動産を会社に動かすときの譲渡所得税、不動産取得税、登録免許税まで自動的に消えるわけではありません。株式の制度と、不動産の制度は別の箱で動くので、ここを混同すると判断を誤ります。11

実務では、株式の承継対策だけが先に進み、不動産の名義整理は後から考えるケースがあります。しかし本当は逆で、土地建物が誰のものかを先に決めないと、株式評価も納税資金計画も安定しません。だからこそ、残すか移すかの判断は、節税の一言で片づけず、会社の存続に必要な資産かどうかまで含めて考える必要があります。

まず何から着手すればよいのか?

資産マップを作る

最初にやるべきなのは、資産を一枚で見える形にすることです。具体的には、会社名義で株式に含まれる資産、オーナー個人名義だが会社が使っている資産、事業に使っていない個人資産の三つに分けます。

そのうえで、土地建物は名義、時価の目安、簿価、固定資産税評価額、賃貸借の有無、担保設定の有無まで並べます。設備についても、所有者が会社か個人か、リースか購入か、補助金や契約上の制限がないかを確認します。

この作業は地味ですが、物的資産の承継を株式の問題へ正しく接続するための土台です。資産マップがないままでは、税理士に相談しても前提がぶれ、株価評価の試算もずれやすくなります。

反対に、名義と利用実態がそろえば、どの資産を動かすべきか、動かさない方がよいかが見えやすくなります。設備についても、後継者がそのまま使うのか、更新するのか、リース満了で入れ替えるのかを決めやすくなり、承継後の資金計画までつながります。

税金・株価評価・資金を試算し、引き継ぐ順番を考える

次に必要なのは、一案だけでなく複数案を同じものさしで比べることです。少なくとも、個人保有のまま会社に貸す案、時価で会社へ売る案、動かさず株式だけ承継する案の三つは並べてみたいところです。

その際に見る数字は、譲渡時の税金、株価評価への影響、納税資金をどう用意するかの三つです。ここでようやく、何を移すかではなく、どの順番で引き継ぐかが判断できるようになります。

事業承継で避けたいのは、先に不動産を動かし、あとで株価と相続税の重さに気づくことです。会社では株式が入口ですが、承継の成否を分けるのは不動産の名義と動かし方であることが少なくありません。

株式、不動産、設備をばらばらに見るのではなく、順番をつけて一体で設計することが、会社を残すための引き継ぐポイントになります。

出典・参考資料

  1. 「事業承継ガイドライン」中小企業庁 ↩

  2. 「No.3217 時価より低い価額で売ったとき」国税庁 ↩

  3. 「不動産取得税」愛知県 ↩

  4. 「No.7191 登録免許税の税額表」国税庁 ↩

  5. 「法人税法(昭和四十年法律第三十四号)」e-Gov 法令検索 ↩

  6. 「第9条《その他の利益の享受》関係」国税庁 ↩

  7. 「No.4423 個人から著しく低い価額で財産を譲り受けたとき」国税庁 ↩

  8. 「取引相場のない株式(出資)の評価明細書の記載方法等」国税庁 ↩

  9. 「No.4638 取引相場のない株式の評価」国税庁 ↩

  10. 「No.4124 相続した事業の用や居住の用の宅地等の価額の特例(小規模宅地等の特例)」国税庁 ↩

  11. 「No.4439 非上場株式等についての贈与税の納税猶予及び免除の特例等(法人版事業承継税制)」国税庁 ↩

執筆者:補助金フラッシュ 士業編集部

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執筆者
補助金フラッシュ 士業編集部
公開日: 2026年3月27日

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