農業の補助金申請で、中小企業支援の専門家である認定支援機関（認定経営革新等支援機関）と一緒に確認したいポイント

事業再構築補助金は今申請できるのか？

第13回で新規応募が終了し、今は後継制度を確認する段階です

結論として、事業再構築補助金は新規応募が第13回で終了しています。公式サイトでも、電子申請受付の終了とあわせて新規応募の終了が案内されています。¹

一方で、農業の新規事業を補助金で支援する枠組み自体がなくなったわけではありません。たとえば中小企業庁は、新事業進出補助金の第3回公募について、2026年2月17日に申請受付開始を告知しています。²
制度が変わると、書類や審査観点は少しずつ変わります。それでも農業は、一次産業の範囲に収まっていないか、経費の中に一次産業扱いが混ざっていないかという点で、同じ種類の失敗が起きやすいです。ここから先は、その共通の落とし穴を見ていきます。

農業はなぜ要注意なのか？

一次産業にとどまる計画は対象外の例が示されています

農業の相談で最初に確認したいのは、新たに始めることが一次産業に収まらないかです。事業再構築補助金の資料では、補助対象外事業の例として、農業者が単に別の作物を作ることや、飲食店が新たに漁業を始めることなど、取り組む事業が一次産業になるケースが挙げられています。³
つまり、農業に詳しい人ほど思いつきやすい発想が、そのままでは支援対象に乗らない場合があります。

ここで重要なのは、農業そのものが否定されているという話ではない点です。あくまで例示されているのは、事業の中身が一次産業に収まる計画です。農業の強みを活かしつつ、加工、流通、販売、サービスなど別の領域まで含めて事業として組み立てる必要が出てきます。

農業の強みを別の産業につなげる発想が必要です

農業は、原材料と現場の知見を持っていること自体が武器です。ただし補助金の審査では、武器が何に変換されるのかが問われます。たとえば、規格外品を活かした加工品づくり、飲食店や宿泊施設向けの卸、体験型サービス、ネット通販（EC）での直販などは、一次産業の外側に価値を広げやすい方向です。

認定支援機関と話すときは、農産物の出来高や品目の話から入るより先に、どの顧客に、どんな価値を、どんな形で届けるのかを言語化すると会話が速くなります。売り先が決まると、必要な設備、人員、販促の優先順位が揃います。ここまでで方向性が定まったら、次は経費の区分で失敗しない準備に移ります。

対象外経費を先に洗い出す

水耕栽培や観光農園の栽培費は対象外と例示されています

農業で見落としがちなのが、事業の目的が新規事業でも、支出の中身が一次産業扱いだと補助対象経費として認められないことがある点です。事務局の資料では、陸上養殖、水耕栽培、生け簀、自動給餌機、観光農園の栽培にかかる経費などが、一次産業に当たるため補助対象として認められない例として明記されています。⁴

ここで困るのは、計画の中に一次産業とそれ以外が混ざりやすいことです。たとえば加工場を作る計画でも、同時に栽培設備を増強したくなることがあります。補助金で支援したい部分と、自社負担でやる部分を最初から分けておかないと、採択後に交付決定を受ける手続き（交付申請）や精算の段階で想定外の修正が必要になります。

採択後に困らない経費の切り分け方

経費の区分を現実的にするコツは、計画書の文章ではなく、見積と配置図と運用フローで区分を固定することです。たとえば、加工ラインの設備一式、包装資材の保管スペース、出荷用の冷蔵設備、ECの受注や在庫を管理するシステムなど、何に使う設備かが説明できる状態にしておきます。反対に、栽培のための設備や日常の運営費に見える支出は、混ぜない前提で組み立てた方が安全です。

たとえば果物農家が冷凍果実を製造して通年出荷する計画を考えるなら、冷凍設備や加工スペースは事業の中心に据えやすい一方、畑（圃場）の造成や栽培設備の増強は一次産業寄りに見えやすい、という整理になります。どこまでが対象かは制度や計画の書き方で変わるため、最終判断は公募要領と事務局確認に寄せつつ、見積段階で区分しておくのが実務的です。

判断に迷う項目は、認定支援機関だけで結論を出さず、事務局の情報も当たってください。次の章では、その認定支援機関をどう使うと計画が前に進むかを整理します。

認定支援機関と組むメリットは何か？

確認書は申請の入口になり、計画の品質にも影響します

認定支援機関は、税務や財務、金融などの専門性と支援実績が一定水準以上と認められた支援者です。事業再構築補助金の公式サイトでも、申請では認定支援機関から事業計画書の確認を受けることが必須要件の一つである旨が説明されています。あわせて、サービス内容とかい離した高額な成功報酬などへの注意喚起も出ています。⁵

資金調達を伴う補助金では、計画と資金の整合が崩れると一気に進みません。事業再構築補助金の公募要領では、金融機関等から資金提供を受けて補助事業を実施する場合は資金提供元の金融機関による確認書が必要で、自己資金のみの場合は認定支援機関による確認書で要件を満たすとされています。⁶
また、公募要領には、採択が交付決定を保証しないことや、交付決定前の発注等は補助対象外になることも明記されています。⁶ 農業は設備の納期が長いこともあるため、契約のタイミングまで含めた段取りを最初に決める意味があります。

得意分野と報酬の見える化で選びます

認定支援機関は、税理士法人、会計事務所、中小企業診断士、商工会議所、金融機関など幅広く存在します。中小企業庁は、認定支援機関の検索システムを案内しており、活動内容や支援実績を検索できるとしています。⁷
農林漁業の支援では、業種理解に加えて、設備投資後の運営まで見通せる相手かどうかが重要です。申請書の体裁を整えるだけでは、採択後の運用で計画が崩れます。

選定時は、次のような観点で確認すると失敗が減ります。

• 農業、食品、観光など近い領域の支援経験があるか
• 申請だけでなく、採択後の交付申請や実績報告まで伴走範囲が明確か
• 料金体系が見える形で説明され、料金条件が過度に一方的ではないか
• 計画の数字を作るだけでなく、販売や運営の前提を一緒に置けるか

採択事例を見て、計画の型をつかむ

卸売業への展開で販売側に回る例

次に、実際に採択された計画を見て、農業の強みをどう別の価値に変換しているかを確認します。事業再構築補助金の第13回公募では、農業、林業の採択案件一覧として、事業計画の概要が公開されています。たとえば茨城県の事業者が、近隣農家から野菜を仕入れて高付加価値で販売するなど、卸売業への新規参入を掲げた計画が掲載されています。⁸
生産側の努力だけでは価格に反映しにくい局面でも、流通や販売の役割を取りにいく卸売業への展開は、一次産業の外側で利益をつくる一つの型になります。

ただし、卸に踏み出すと、品質基準の統一、在庫と廃棄の管理、取引条件の交渉など、現場の負荷は増えます。だからこそ、設備投資だけでなく、人員配置と運用ルールまで計画に入っているかが評価の分かれ目になります。認定支援機関は、数字の妥当性だけでなく、この運用の前提が破綻していないかを一緒に点検できる相手だと助かります。

六次産業化で製造とネット通販をセットにする例

同じ一覧には、農園が自社の野菜やハーブを活用した菓子製造を行う施設を立ち上げ、あわせて自社のネット通販サイト（ECサイト）を構築する計画も掲載されています。⁸
農産物を作るだけで終わらず、加工して商品化し、販売チャネルを自前で持つ流れです。農産物の強みを、製造業と小売の価値に変換しています。

六次産業化は、言い換えると生産に加工と販売を組み合わせ、付加価値を上げる取り組みです。農業に近い言葉ほど説明が省略されがちですが、補助金の審査では、誰に何を売るのかが具体的に書かれているかが評価に影響します。次の章では、申請前に確認しておきたい実務を短くまとめます。

申請前に確認したい実務チェック

確認書、電子申請、相見積の準備で時間を失わない

農業の計画は、建物や設備が絡みやすく、手続きと書類で時間を失いやすいです。事業再構築補助金の電子申請に関する資料では、提出書類の不備があると申請が受理されないケースがあることや、確認書の扱いなどが整理されています。⁹

もう一点、支援を受ける場合でも申請の主体はあくまで事業者本人です。公募要領には、申請者自身が内容を理解して確認したうえで申請することや、事業計画の作成自体を外部機関が行うことは認められない旨が書かれています。⁶ 認定支援機関は丸投げ先ではなく、前提のズレを早期に見つける相手と考えると現実的です。

また、交付申請の段階では、複数社から見積を取ること（相見積）の提出が原則必要で、付き合いがあるなどの理由は相見積が取れない合理的な理由として認められない例が示されています。¹⁰ 設備投資が大きいほど、後から慌てて集めると時間も関係者も消耗します。今から補助金で新規事業に挑戦するなら、まずは次の順番で確認すると、やり直しが減ります。

• 制度の現状として、事業再構築補助金は新規受付終了、今動いている公募を確認する
• 事業内容が一次産業に収まりそうなら、価値が出る部分を加工、流通、販売、サービスまで広げて組み直す
• 経費は最初から、補助対象にしたい支出と自社負担の支出で区分して見積を取る
• 資金提供を受けるなら金融機関、自己資金のみなら認定支援機関という形で、確認書の段取りを先に決める
• 交付申請以降も見据えて、相見積、契約、納品、支払いの流れを先にスケジュール化する

農繁期と工事、納品が重なると業務が滞りやすいため、繁忙期を避けた工程を先に置くと安心です。最後にもう一度だけ要点をまとめます。要点は 一次産業、経費、役割分担 の3つです。早い段階で揃うほど、補助金の検討が現実的になります。迷ったら、認定支援機関と事務局に早めに相談し、計画の前提をそろえてください。

1. 事業再構築補助金の第13回公募の電子申請受付終了とともに、新規応募申請受付が本公募回で終了した旨を案内している。事業再構築補助金事務局（2025年3月26日） ↩

2. 新事業進出補助金の第3回公募について、2026年2月17日に申請受付開始と申請締切日時を告知している。中小企業庁（2026年2月17日） ↩

3. 補助対象外事業の例として、農業者が別の作物を作るなど取り組む事業が一次産業になるケースを挙げている。事業再構築補助金事務局（2025年1月10日） ↩

4. 一次産業に当たる陸上養殖や水耕栽培などの経費は補助対象として認められない例を示している。事業再構築補助金事務局 ↩

5. 認定経営革新等支援機関の概要、申請での事業計画確認の必要性、過度な成功報酬等への注意喚起を掲載している。事業再構築補助金事務局 ↩

6. 金融機関等から資金提供を受ける場合は金融機関の確認書が必要で、自己資金のみの場合は認定支援機関の確認書で要件を満たす旨を示している。採択が交付決定を保証しないことや交付決定前の発注が対象外になる点も記載している。事業再構築補助金事務局（2025年1月10日） ↩

7. 認定経営革新等支援機関制度の概要と、検索システムで活動内容や支援実績を検索できる旨を案内している。中小企業庁（2025年12月16日更新） ↩

8. 第13回公募の農業、林業の採択案件一覧として、事業計画名と概要を公開している。事業再構築補助金事務局（2026年1月15日時点） ↩

9. 電子申請で不備になりやすい提出書類や、確認書の扱いなどを整理し注意点を示している。事業再構築補助金事務局（2024年10月31日） ↩

10. 交付申請の経費明細表作成で、相見積が原則必要であり認められない理由例も示している。事業再構築補助金事務局（2025年9月） ↩