事業承継で株式を売ると税金はいくらかかる? 株式譲渡の計算と申告方法

事業承継で、売却額そのものに税金がかかるのか?

課税されるのは売却額ではなく譲渡益

株式譲渡で押さえたい出発点は、課税対象が売却額ではなく譲渡益だということです。一般株式等に当たる未上場株式は、ほかの所得と分けて計算する申告分離課税の対象で、譲渡益は 譲渡価額から取得費と手数料などの必要経費を引いて求めます。

税率は、所得税15％、住民税5％で、さらに復興特別所得税が上乗せされるため、実務上は合計 20.315％ と考えるのが基本です。¹

たとえば、1億円で株を売ったとしても、その1億円全部に20.315％を掛けるわけではありません。取得費が2,000万円、仲介手数料などが500万円なら、課税の土台になる譲渡益は7,500万円です。ここを取り違えると、税額を必要以上に大きく見積もってしまいます。税率の前に、譲渡益をどう置くかを確認することが先です。¹

事業譲渡と同じ感覚で考えないことが大切

事業承継では、株式譲渡と事業譲渡が同じように語られがちです。しかし、両者はそもそも対象が違います。株式譲渡は株主が持つ株を移す方法で、事業譲渡は会社が持つ資産や負債、契約などを個別に移す方法です。

中小企業庁も、事業譲渡は資産や契約、許認可などを個別に移転するため、株式譲渡より手続が煩雑になりやすいと整理しています。²

そのため、タイムラインで見た売却事例をそのまま真似して、株式譲渡の税金を事業譲渡の感覚で読むのは危険です。どちらの方式かで、誰に何の税金がかかるかが変わるからです。

ここまでで、株式譲渡では売却額ではなく譲渡益を見るべきだと分かりました。次は、その譲渡益を左右する取得費を見ていきます。

取得費をどう置くかで、税額が変わる

自分で買った株なら、購入額が出発点になる

自分で出資した株や買った株なら、基本は分かりやすいです。その株を取得するために払った金額が取得費の土台になり、そこに譲渡時の委託手数料などを加味して譲渡益を計算します。

未上場株では市場価格がすぐに見えないため、税額の議論が株価評価に寄りがちですが、売り手側の所得税と住民税の計算でまず効くのは、評価額よりも取得費の置き方です。¹

このとき、昔の出資資料や株主名簿、株券発行会社であれば株券の履歴、増資時の議事録などが残っているかで、確認のしやすさが変わります。株価算定と取得費確認は別作業なので、両方の資料を分けて整理しておくと、後で混乱しにくくなります。

贈与や相続でもらった株は、前の持ち主の取得費を見るのが原則

事業承継で特に見落としやすいのがここです。国税庁は、相続や贈与で取得した株式等の取得費について、被相続人や贈与者の取得費を引き継ぐとしています。

つまり、親から株を受け取ったからといって、受け取った時点の評価額がそのまま自分の取得費になるわけではありません。³

このルールを知らないと、親の代でかなり昔に安く取得した株を、今の時価に近い感覚で計算してしまいがちです。ところが実際には、親の古い取得費を引き継ぐため、譲渡益が大きく出ることがあります。経験者でも意外と見落としやすいのは、承継時の評価額と譲渡時の取得費が一致しないケースがあることです。³

さらに、相続で取得した株を売る場合は、相続税がかかっており、かつ一定の期間内に譲渡するなどの要件を満たせば、相続税額の一部を取得費に加算できる特例があります。

相続開始の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡したかどうかが一つの目安になるため、売却時期で税額が変わる余地がある点も確認が必要です。⁴

親族間で安く売れば、税金は抑えられるのか?

安すぎる売買は、買い手側で贈与税の問題が発生する

親から子へ、あるいは親族間で株を売る場面では、税金を抑えようとして低い価格を設定したくなることがあります。ただ、ここは単純ではありません。国税庁は、個人から著しく低い価額で財産を譲り受けた場合、その時価との差額は贈与により取得したものとみなされるとしています。⁵

つまり、安く売れば売り手側の譲渡益が小さくなる可能性はありますが、その一方で、買い手側に贈与税の問題が出る余地があります。

親族間売買で大事なのは、値付けを下げることではなく、その価格に説明がつくことです。未上場株の評価方法には複数の考え方があり、会社規模や利益水準でも変わるため、税務だけでなく評価の根拠までそろえておく必要があります。⁵

贈与や相続を選ぶなら、別の税制も含めて比較する

親から子へ株を移す方法は、売買だけではありません。贈与なら贈与税、相続なら相続税がかかり、国税庁の速算表では、贈与税も相続税も最高税率は 55％ です。

もっとも、贈与税は基礎控除110万円を差し引いて計算し、相続税は法定相続分に応じた取得金額ごとに計算するため、単純に売買と税率だけで比べると判断を誤ります。⁶⁷

加えて、事業承継では、一定の要件を満たすと非上場株式の承継に伴う贈与税・相続税の負担を大きく軽減できる事業承継税制があります。中小企業庁は、特例措置について、非上場の株式等の承継に伴う贈与税・相続税の負担を実質ゼロとする特例措置と案内しています。⁸

ここで分かるのは、売買が常に得とは限らず、贈与や相続が常に不利とも言えないということです。将来の売却予定、後継者の資金力、株価の上がり下がり、事業承継税制の適用可能性を合わせて見ないと、正しい比較になりません。次に、実際の申告をどう進めるかを整理します。

申告は、何を準備してどう進めるのか?

まず計算明細書で、譲渡益を固める

株式譲渡の申告では、いきなり確定申告書を書くのではなく、先に株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書で数字を固める流れが分かりやすいです。

国税庁の様式でも、この明細書は一般株式等または上場株式等の譲渡所得等の金額を計算する場合に使用するとされています。未上場株の売却なら、通常は一般株式等の欄で整理することになります。⁹

この段階で必要になるのは、主に次の情報です。

• 売却価格
• 取得費の根拠資料
• 仲介手数料や専門家報酬など、譲渡に直接要した費用
• 相続取得なら、相続税申告の有無と時期

税率の確認より先に、数字の根拠資料をそろえることが申告の近道です。特に親族内承継では、売買契約書だけでなく、株価算定書や取締役会議事録、株主名簿の変動履歴まで見られる形にしておくと、その後の説明がしやすくなります。

確定申告書では、分離課税の欄で申告する

国税庁の手引きでは、株式等の譲渡所得等の申告は、申告書第一表、第二表、第三表（分離課税用）で行うとされています。したがって、未上場株を売った場合も、給与や事業所得とは別枠で譲渡所得を記載する流れになります。¹⁰

ここで迷いやすいのは、住民税を別の税目のように考えてしまうことです。実務上は、株式譲渡の税率の中に住民税5％が含まれており、所得税とあわせて考える必要があります。所得税だけ見て手取りを計算すると、必ずズレます。¹

もう一つ注意したいのは、上場株式等と一般株式等は別区分で、損益通算の扱いも同じではないことです。未上場株で生じた一般株式等の譲渡損失は、上場株式等の利益と自由に相殺できるわけではありません。売却年にほかの株の取引があるなら、どの区分に入るかも確認しておく必要があります。¹

株式譲渡を検討し始めたらすべきこと

税率より先に確認したい3つ

事業承継の株式譲渡でまず確認したいのは、方式、取得費、価格の妥当性の三つです。方式とは、株式譲渡なのか、贈与なのか、相続なのかという入口です。取得費は、本人取得なのか、親から引き継いだものなのかで税額が大きく変わります。価格の妥当性は、親族間売買で特に重要になります。³⁵⁸

逆に、最初から税率だけを見ても、判断材料としては足りません。20.315％という数字は分かりやすい一方で、その前段の譲渡益の計算を誤ると意味がなくなるからです。事業承継では、税金の比較がそのまま承継方法の比較ではないと考えたほうが安全です。

税理士に相談する

相談をスムーズに進めるには、次の情報を先にまとめておくと効果的です。いつ、誰が、いくらでその株を取得したのか。今回は誰に、いくらで譲渡する予定か。相続や贈与を経ているなら、その時期と税務申告の有無はどうか。この四点が見えるだけで、計算の精度はかなり上がります。

事業承継における株式譲渡の税金は、難しそうに見えて、実は確認順序が大切な論点です。売却額ではなく譲渡益を見ること。親族間では価格の妥当性まで考えること。承継で受け取った株は、前の持ち主の取得費を引き継ぐ可能性があること。この三つを押さえれば、申告方法の理解もかなり進みます。

1. 「No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)」国税庁 ↩

2. 「（参考資料 1）中小 M&A の主な手法と特徴」中小企業庁 ↩

3. 「No.1464 譲渡した株式等の取得費」国税庁 ↩

4. 「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」国税庁 ↩

5. 「No.4423 個人から著しく低い価額で財産を譲り受けたとき」国税庁 ↩

6. 「No.4408 贈与税の計算と税率（暦年課税）」国税庁 ↩

7. 「No.4155 相続税の税率」国税庁 ↩

8. 「事業承継の支援策」中小企業庁 ↩

9. 「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」国税庁 ↩

10. 「株式等の譲渡所得等の申告のしかた」国税庁 ↩